歸納最高行政法院近一年針對環境影響評估事件連續做出四件可說是判決居民與環境勝訴的判決（分別是98年度判字第47號、第708號及第772號、99年判字第30號）。其判決要旨共同之處如下：
(一) 一階環評僅是從書面形式審查開發單位自行提出之預測分析，過慮開發行為對環境是否有重大影響之虞，所以性質上是一篩選機制；二階環評開始，才真正進入實質的環評審查程序，而且是一個較慎密，並須踐行公共參與的程序。
(二) 依環評法第8條規定，只要開發行為對環境有重大影響「之虞」，即應進行二階環評，而非必須開發行為對環境「有重大影響時」方應進行二階環評。
(三) 經公告後的環評審查結論，屬行政處分。對於屬高度科技性之判斷，司法固應專重行政機關的判斷餘地，惟如行政機關之判斷有恣意濫用及其他違法情形，司法仍得予以撤銷或變更。
環評制度是一項環境風險的評估與預防機制。此由環評法第1條開宗明義規定「為預防及減輕開發行為對環境造成不良影響，藉以達成環境保護之目的。」及第4條第2款明定環境影響評估是指開發行為對包括生活環境、自然環境、社會環境及經濟、文化、生態等可能影響之程序及範圍，事前以科學、客觀、綜合之調查、預測、分析及評定，...在在可證。因此，唯有事前以科學與客觀的評估方法，盡可能釐清所有可能的風險，並審查開發單位所提出的環境保護對策究竟能減輕多少影響？最後才由全體環評委員衡量自然生態、生活、社會文化與經濟等各種利害得失，透過多數決或共識決做出結論，才是環評的本質。而應進行環境影響評估的開發行為在環評尚未通過前，不許進行任何整地、施工行為，則是環評制度最基本的原則（環評法第14條第1項）。
對於自去年以來，中科三期七星農場、雲林縣林內焚化爐、新店安康事業廢棄物掩埋場、台東美麗灣渡假飯店與新竹橫山廢棄物掩埋場等有關環評的行政訴訟，環評結論一再被司法撤銷，司法對於環評制度的看法，顯然已有定見。筆者曾直接或間接參與以上各案的環評審查或訴訟代理，歸納其判決原因，共通點在於環評屬高度專業的審查，必須是在充份完整且正確的資訊基礎下，全部風險已盡可能被充份瞭解並考量後，在經濟利益與其他環境不利益必須有所取捨下所做審查結論，方可享有「判斷餘地」。
中科三期，則是典型「呷緊弄破碗」的案例。環保署反駁指摘司法判決無效用，破壞環評體制，其論據即在環評結論之所以被撤銷的關鍵因素，即環評通過的第5項條件：「開發單位於營運前應提健康風險評估；...送本署另案審查。如評估結果對居民健康有長期不利影響，開發單位應承諾無條件撤銷本開發案。」殊不知，此段文字正好明白昭告國人，環保署在通過中科三期環評時，對於事先應釐清是否會對居民的健康風險造成不良影響？影響範圍多少？輕重如何？應否有配套減輕對策？完全無知。為配合廠商投資期程，強行先以表決通過，事後再形式上補做（環保署枉做小人，實際上，廠商事後亦因景氣而放緩設廠腳步），姑不論開發單位在鉅額投資完工後、營運前根本不可能提出不利於己的健康風險評估報告，司法此時乃藉當時環評委員中唯一有健康風險專業的周晉澄委員的質疑，告訴環保署，在風險未評估釐清前，此種具有高度專業的環評審查，不容許行政機關挾多數決方式取代未知的風險評估。
依行政法原理，環評的違法行政處分被撤銷後，就溯及既往失其效力（此由行政程序法第118條規定意旨可以參酌印證，但非直接適用），回復到環評法第7條尚未經審查通過許可前之狀態，絕不是環保署所說可將撤銷與停工切割處理。依行政訴訟法第304條規定，環保署應該實現判決內容（非單指判決主文）之必要處置，亦即環保署應該依環評法第22條規定，轉請國科會命中科管理局停工，必要時亦可直接做出停工的處分。
但令人訝異的是，環保署不僅不反省、檢討目前環評審查機制究竟那個環節出現嚴重缺失，明明享有判斷餘地的專業審查，為何一再被司法予以撤銷？反而執意上訴貽誤良機，徒增環境危機，甚至廠商投資的風險。對於民眾抗議要求停工，更一再反控司法不當干涉行政，揚言釋憲，並拒絕做任何必要處置，視司法如無物。
環保署刻意曲解環評法第14條第1項規定，認為只有自始未完成環評審查者才適用，本案是完成後又被撤銷，因此不適用。但實際上參酌該條92年1月8日的修法立法理由：「一、依本法第7條規定，環境影響說明書經主管機關作成審查結論後，即完成審查；至於評估書部分，依本法第13條規定，應經主管機關認可後，才視為完成審查 。爰將第一項修正為『未經完成審查或評估書未經認可前』。二、有關許可後無效之處理，應回歸行政程序法規定，故將第1項後段『並由主管機 關函請目的事業主管機關註銷之』予以刪除。」即可知環保署是在玩法！因為依其立法理由，顯然可以看出，只是將文字調整與環評法第7條與第13條用語一致。而環評法第7條乃規定做成審查結論方署完成審查，如今審查結論已被撤銷，且溯及失其效力，當然是尚未完成審查。
環保署的一再聲明與反駁，引起各界更大反彈後，竟不惜再度耗費公帑，在四大平面媒體刊登半版廣告，不僅聲稱有關撤銷中科三期環評的司法判決是無效用、無意義，更直接指控「破壞現行環評體制」。行政權如此蠻橫專擅，令人憂心！
在民主憲政體制下，司法本即有權制衡立法（如違憲審查）與行政（人民提出行政救濟，由司法判斷即是其中之一）。環保署此舉，如發生於歐美國家，勢必舉國譁然，甚至引發憲政危機，無異昭告國際，臺灣政府仍屬民主法治落後政體。
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