我國環境影響評估制度取經自美國，但美國的環境影響「評估」制度，評估的對象是「政府的決策行為」，亦即評估政府針對某一開發行為給予核准之決定，將對環境產生如何的影響，俾做為決策機關決策考量因素之一。所以，性質上只是一項評估機制，最後的決策權與政治責任者概在決策機關。
環境影響評估制度引進台灣後，產生本土化的質變，成為環境影響評估『審查機制』，設立環境影響評估『審查』委員會（請參下稱環評法第3條第1項），從「評估政府決策行為」改成「審查開發行為」（請參環評法第1、5條）。
因為從「評估」改為「審查」，所以，環境影響評估審查委員會享有所謂的「否決權」（請參環評法第14條第1、2項、其施行細則第43條第4款）。因此，引進台灣後的環境影響評估制度，環境影響評估審查委員會的委員，核屬刑法第10條第2項所稱依法令從事務公共事務而具有法定職權的公務員，必須依法行政，針對開發單位所提出之環評書類，尤其其中法定應評估事項，不應僅輕描淡寫提供建議任開發單位選擇，反應詳實審查，並負責任地做出具體明確且符合環境影響評估制度立法精神的審查結論，合先敘明。
二、 中部科學園區二林園區一變再變的廢水排放問題，違反開發行為環境影響評估作業準則（下稱作業準則）。 國科會中部科學園區管理局（下稱中科管理局）最初提出二林園區環境影響說明書（下稱環說書）送行政院環境保護署（下稱環保署）審查時，原計畫將廢水排放到舊濁水溪三和制水閘下游，經彰化縣王功、漢寶一帶養殖漁民激烈抗議後，又改稱將改排放濁水溪，因而必須逆地勢拉17公里專管加壓到自強大橋放流，於是又引起雲林縣政府及濁水溪自強大橋下游農、漁民的強烈反對。
針對新的廢水排放方案，其環境現況及預測影響雖略有著墨，但並未依作業準則補做完整之調查評估。此外更荒謬的是，環保署本案環評的專案小組於2009年10月13日竟然做出看似排放舊濁水溪與濁水溪任選皆可的審查結論建議，但因加了一項須排放至「河口潮間帶低潮線以下」的條件，因此，中科二林園區反而不能將其廢水自舊濁水溪的三和制水閘下游或濁水溪的自強大橋下游排放，二方案幾乎都分別須再拉管延伸7公里與12公里以上，等同是全新的廢水排放方案。至於另外設定一項後期「廢水量高於6萬CMD或牡蠣體內銅檢測濃度值超過100mg/kg濕重後，應以海洋放流管排放。」問題是，如何拉管？放流點在何處？對海底、海洋生態影響如何？因應對策為何？均未要求開發單位補提調查評估資料，並加以審查是否正確妥適？且未徵詢開發單位是否同意專案小組越俎代庖所提廢水排放的新方案，即迫不及待提送大會。於同年10月21日在行政院吳敦義政策指示下，復再度變更改排給另一是否通過環評尚在未知之數的國光石化使用，如國光石化不願使用，則排至外海三公里以外。至於路徑為何？全然無法得知，更遑論其依法應有之調查評估，全然付諸闕如。
茲就上述審查過程與結論違法之處，說明如下：
(一) 違反開發行為作業準則第12條第2項
依該條項規定，開發行為產生之廢（污）水排放至河川、海洋、湖泊、水庫或灌溉，灌排系統者，應評估對該水體水質、水域生態之影響，並訂定因應對策。
不問依專案小組的審查結論建議排放至「河口潮間帶低潮線下」或後來新聞報導行政院最新政策決定改為「海洋放流」，均應依上開作業準則第12條第2項辦理，而其具體的評估方式，則應依來自作業準則第49條授權訂定的「海洋生態評估技術規範」辦理。
其評估項目與作業方式應依此技術規範第4點所定步驟辦理。亦即：
①與海洋生態有關之環境現況說明。其項目包括地理位置、水文、水質、海象、海底地形、底質、海域使用現況、棲地環境及生態相關之特殊地區等。
②海洋生態調查、分析。其調查時間與頻率；六個月至少進行二次，並涵蓋二季。調查項目包括微生物、葉綠素a、基礎生產力、植物性浮游生物、動物性浮游生物、底棲動物、固著性植物、魚類、爬蟲類、鳥類、哺乳類（鯨、海豚等）、漁業資源。
③海洋生態影響評估，應依開發行為對海洋生物棲息環境變動的環響、重要物種影響等，進行海洋生態影響分析與預測，並對生態影響進行綜合評估分析。包括分析開發行為對當地重要物種的族群數量或其群聚特性與關係影響其他物種群聚或漁類資源。
④海洋生態影響減輕對策及替代方案，應考量對重要棲地及海洋生物之影響並為補償。
⑤海洋生態監測計晝。
惟未見中科管理局依上述規定理，如予通過，顯然違法。
(二) 另依作業準則第6條所訂附件三之環說書應記載事項及審查要件項目，無論是第6項的環境現況（其附表6）或第7項的預測開發行為可能引起之環境影響（其附表8），均需針對河川或海域的水文、水質、流量或海象、底質為調查並為評估分析，以計算污染物總排入量、排入濃度、稀釋混合狀況，並比較說明受影響程度。中科二林園區的環說書，僅針對原規劃往舊濁水溪排放之方案，曾依上述規定為較詳細調查評估（但其正確性仍遭嚴重質疑）。至於專案小組結論建議所提方案與行政院指示之方案，則完全未為調查評估，至為明顯，更不待言。如草率予以通過，亦屬違法。
(三) 專案小組就中科二林園區開發行為的審查，違反環保署所訂工業區開發環境影響評估審議規範。茲分述如下：
1. 科學園區性質上屬工業區之一種，僅因前者之目的事業主管機關為國家科學委員會，後者為經濟部工業局，故名稱上有所差別，性質上並無二殊，合先敘明。
2.依此審議規範第11號規定：「開發行為對於水產資源之影響，應就影響所及地區之漁獲改變及受影響之漁民戶數，提出說明與因應對策。」中科二林園區環評審查過程，一再有彰化、雲林的漁民陳情抗議其廢水將對漁獲與食物安全造成重大不利之影響，且早有新竹科學園區造成客雅溪口香山沿海一帶養殖漁業完全崩潰之殷鑑不遠，專案小組對此一重大環境影響因素，卻完全未要求中科管理區提出說明與因應對策，顯有違誤。
3. 依水利法第47條之1第1項規定，為防止地下水超抽引起地盤沈陷所劃定之地下水管制區，限制或禁止地下水之開發。此外，上述審議規範第25條亦明定：「開發基地位於地下水管制區或地層（盤）下陷區者，禁止規畫取（抽）用地下水。二林園區基地位於地下水管制區，中科管理區表面上雖說不會取地下水，其每日約4800噸的生活用水，由自來水公司供應。然實際上，彰化地區之自來水水源，高達98%仍是抽取地下水供應（且抽水深度已深約200公尺），因此自來水公司亦明白表示供應中科二林園區的新增用水，仍必須取用地下水支應。彰化地區普遍地層下陷嚴重，尤其預計將是中科二林園區供水來源的二林自來水淨水廠，更是下陷點，95、96年平均每年下陷7.5公分。因此，無論是中科管理局或自來水公司抽取地下水，均會更進一步惡化地層下陷之幅度，環保署豈能視若無睹。
三、 結論 綜上論述，以中科二林園區在廢水排放問題，在在攸關國民健康，環境資源，依前述相關規定，縱未認定不應開發，亦應進行二階環評，方屬合法。民間廠商國光石化都已願進行二階環評，在範疇界定時，雖與環保團體針鋒相對，討價還價，但最後仍獲得環保團體給予肯定。惟開發單位為行政機關的中科管理局，為何反而不願守法遵循制度？令人難以苟同。
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